Desde 1492 se comienza a tener noticias en El Puerto de Santa María de la Cofradía de la Santa Caridad, denominada por aquel entonces de la Misericordia, posteriormente de la Misericordia y San Carlos Borromeo y, finalmente, a partir de 1668, de la Santa Caridad de Cristo. Continuando las pautas de la hispalense, creada un siglo antes la hermandad portuense se propuso tener un hospital propio para asistir a los enfermos. Para ello le fue concedida, en primer lugar, la Capilla de San Andrés en 1675, pero debido a lo reducido de sus dependencias solicitó en 1679 otro lugar, en esta ocasión, junto a la ribera del Guadalete frente a la Aduana Ducal.

Su construcción se inicia en 1679, aunque hasta bien entrado el siglo XVIII, no se remataría el segundo cuerpo con sus magníficas enfermerías, escalera y oficina conventuales, convertidas en la actualidad en dependencias municipales. Pero las estructuras fundamentales, es decir, la iglesia, el claustro y la escalera son realizaciones del último tercio del siglo XVII. Según la historiografía tradicional, el edificio fue inaugurado en 1700. La iglesia presenta una sola nave, con bóveda de medio cañón, en el cuerpo y media naranja en la cabecera. A los pies posee coro alto, mientras que, en el presbiterio, en el lado de la epístola se localiza la sacristía. Los arcos y pilares de apoyo aparecen almohadillados, consistiendo toda la decoración del recinto en una simple cornisa adornada con ménsulas.

Al templo se accede a través de una magnífica portada adintelada con ménsula en la clave, flanqueada por dos columnas toscanas profusamente decorados con motivos geométricos. Sobre ella, en un espacio rehundido a modo de hornacina, se cobija una cruz, rematado en frontón recto.

A la derecha de esta portada, se localiza la que sirve de acceso al claustro, con vano de medio punto almohadillado. Culmina la fachada en una magnífica espadaña, de un solo cuerpo, con vano de medio punto entre pilastras y motivos decorativos serlianos, que remata en frontón triangular.

El claustro, de dos pisos, presenta planta rectangular, con galerías de arcos de medio punto sobre columnas toscanas de mármol. El segundo cuerpo ofrece balcones adintelados, flanqueados por pilastras. En el centro se sitúa una fuente de mármol mixtilínea con decoración geométrica en la pila y estriada con carátulas en la taza, la cual remata en un jarrón con motivos frutales.

Al piso superior se accede por medio de una amplia escalera de mármol con barandal de caoba torneado, cubierta por una bóveda decorada con yeserías barrocas.

Como elementos muebles conviene señalar el retablo mayor, realizado a principios del siglo XX, en el cual se ubica la escultura procesional de Nuestro Padre Jesús de los Afligidos obra anónima del siglo XVII. En el Manifestador se localiza un pequeño Crucificado de marfil del siglo XVIII. A ambos lados del Sagrario, dos esculturas de San José y San Antonio de Padua, anónimas del siglo XVIII. Muy interesante es el púlpito localizado en el presbiterio, realizado por el maestro Juan Cordero, en 1731.

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