El Convento de San Francisco fue fundado por el Duque de Medinaceli, don Juan de la Cerda, en 1517, erigiéndose sobre la Ermita del Santísimo Cristo. Un segundo impulso importante en la construcción del cenobio debió producirse en torno a 1606 y 1610.  

Desde ese momento la orden fue comprando distintas casas y terrenos a vecinos de El Puerto. Así en 1627, adquiría unas casas de doña Juana de Hinojosa y otras de Baltasar González.

Un año más tarde se hacía lo propio con dos de Isabel Cubián. Aparte de las compras, hubo también donaciones como la de una cochera propiedad de don Juan Villalobos en 1644. Aún en 1650 poco es lo que se había adelantado respecto a su edificación.

En ese año, fue cedido el convento para la Corona al Duque de Medinaceli, quien se convirtió en su principal patrocinador. 

Actualmente sólo se conserva la iglesia conventual y algunas pequeñas dependencias anexas a la misma. 

La iglesia, bajo la advocación de San Miguel Arcángel, la trazó el maestro mayor de los duques Martín Rodríguez de Castro, vecino de Sanlúcar, siendo el cantero Cristóbal de Liébana el encargado de ejecutar las obras.

En esta nueva planta fue respetada la antigua capilla mayor, obra del arquitecto Pedro Díaz de Palacios. Parece que en 1605 también intervino Alonso de Vandelvira.

El templo presenta planta rectangular con tres naves y crucero, destacando la capilla mayor y el coro alto ubicado a los pies.  Sus cubiertas son de medio cañón en la nave central, bóveda vaída en el crucero y de aristas en las laterales, presentando media naranja en algunos tramos de estas últimas. La decoración interior es bastante sobria resaltando únicamente las hojas de acanto de los pilares.

En el crucero se abre una capilla con cubierta de medio cañón, donde destaca el retablo neobarroco que la preside, ubicándose en su camarín central una talla de la Milagrosa flanqueada por las esculturas de San Joaquín y Santa Ana con la Virgen María en sus brazos. La portada situada a los pies es adintelada de líneas muy sobrias, careciendo de decoración. Destaca una portada lateral que da acceso a unas dependencias anexas a la nave de la epístola realizada también durante el siglo XVII en cuyo ático está representado el anagrama de la orden franciscana rematado por una corona. En el plano escultórico, destacan las imágenes de San Francisco Javier y San Ignacio de Loyola, situadas a ambos lados, de la capilla mayor, realizadas por el escultor cordobés Juan de Mesa durante el primer tercio del siglo XVII, las cuales proceden del exconvento sevillano de San Laureano.

El retablo mayor, de estilo barroco realizado en el siglo XVIII, sigue la forma de la propia capilla, manteniendo la estructura impuesta por el escultor Cayetano de Acosta a mediados de la centuria, en la que se superponen Sagrario, Manifestador y Camarín central. Finalmente, en el plano pictórico, este templo posee una colección de copias decimonónicas de obras realizadas por los grandes maestros de la escuela sevillana del siglo XVII. Interesante es también el lienzo realizado en 1900 por el pintor Ángel Sevillano, ubicado en el testero de la cabecera, en el lado del evangelio.

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