En la mayor parte de los pueblos y ciudades era característica la presencia de ermitas, de diversas advocaciones, situadas en el extrarradio del casco urbano, habitualmente al pie de los caminos y que generalmente presentaban una función protectora ejercida por el santo titular.  El Puerto de Santa María posee varias de este tipo entre las que se encuentra esta de Santa Clara.  Ubicada extramuros de la ciudad, próxima al cementerio y a pie del camino que conducía y conduce a Sanlúcar de Barrameda, esta advocada a Santa Clara, discípula de San Francisco de Asís, fundadora de la orden de las Clarisas y caracterizada por su extrema devoción a la Santa Eucaristía y cuya conmemoración se celebra el 12 de agosto.

Esta ermita parece datar de fines del siglo XV, sin embargo, es evidente que a lo largo del tiempo debió sufrir modificaciones que se reflejan en la zona de la nave, más próxima a formas de arquitectura popular frente a la del presbiterio con una mayor entidad arquitectónica. En realidad, esta última zona, que cubre con una media naranja coronada por un lucernario podría ser la parte de mayor antigüedad, recordando a un humilladero.

Presenta planta de cruz latina ubicándose en uno de los brazos del crucero la Sacristía. Esta, cubierta con bóveda de arista posee aún restos de pintura mural imitando yeserías, y cuatro escenas en las que se representan a San José con el Niño, San Antonio de Padua, El Padre Eterno y el Espíritu Santo.

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