Este monasterio portuense fue fundado por los religiosos mínimos seguidores de Francisco de Paula. Los patronos y bienhechores de la obra fueron los Duques de Medinaceli, don Juan de la Cerda y Doña Mencía Manuel. 

La construcción del cenobio franciscano se dilató en el tiempo y aún en los siglos XVII y XVIII se realizaron importantes labores.

Parece que el tracista de este magnífico edificio pudo ser el arquitecto Alonso Rodríguez, célebre por su intervención en la Catedral de Sevilla, y que también actuó en la Iglesia Mayor Prioral portuense. 

El monasterio ubicado extramuros de la ciudad, en el camino que unía Cádiz y Jerez, pasa por ser uno de los conjuntos arquitectónicos mejor conservados del último periodo gótico.

Se realizaron entonces, bajo el patrocinio ducal, la iglesia con sus portadas, la torre con su primitiva escalera y bóveda, a excepción del cuerpo de campanas y el lienzo del claustro ornamentado en sus clases con las armas de los duques. Un segundo momento constructivo, patrocinado por los fieles y los propios monjes, coincide con la realización de los tres lienzos restantes del claustro y el primitivo refectorio.

A finales del siglo XVI debieron hacerse importantes labores como lo atestigua el piso alto del claustro, en el que se advierten las formas propiamente renacentistas. La última actuación de relevancia la llevó a cabo el maestro Francisco de Guindos, al que se le encargó la realización de la nueva Sala Capitular, la que ejecuta siguiendo las normas góticas. Dos son los elementos arquitectónicos que organizan y articulan el conjunto monástico: la iglesia y el claustro. En torno a ellos, se organizan una serie de dependencias que constituían la clausura, entre las que destaca la sala capitular y el refectorio.

La iglesia es de una sola nave con capillas laterales, distribuyendo su espacio en cuatro tramos. En el presbiterio se abre la capilla mayor, de planta cuadrada, localizándose a los pies, el coro alto, el cual apoya sobre una bóveda casi plana y gran arco carpanel. Destacan en el templo, la variedad de cubiertas y la elegancia en la traza de los ventanales. La portada principal, ubicada a los pies, ofrece una serie de características que la acercan a otras realizadas en la provincia de Cádiz. Su notable verticalidad, contrarrestada por el vano adintelado de acceso, e interesante decoración vegetal, dan a la misma una gran importancia. Respecto al claustro, es de planta cuadrada, con galerías de seis arcos apuntados abiertos.

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