En la Iglesia Franciscana de San Miguel Arcángel, edificada en 1517, se conservan dos magníficas esculturas un San Ignacio de Loyola y un San Francisco Javier, realizadas por el ilustre escultor Juan de Mesa Velasco.

Bautizado en la parroquia cordobesa de San Pedro el 26 de junio de 1583, a los 23 años ingresa en el taller sevillano de Juan Martínez Montañés donde aprendería durante cuatro años y medio. Contrae matrimonio con María de Flores, falleciendo bastante joven, a los 44 años. Es autor de esculturas tan señeras como la conocida imagen de nuestro Padre Jesús del Gran Poder, en Sevilla, el Cristo de la Agonía de Vergara, en Guipúzcoa y la Virgen de las Angustias de la Iglesia de San Pablo, en Córdoba.

Las citadas esculturas de San Ignacio y San Francisco Javier presiden la capilla mayor y responden a los encargos que a lo largo del siglo XVII, realiza la Compañía de Jesús destinados a los altares de sus Casas Profesas. San Ignacio de Loyola, fue un religioso español nacido en Azpeitia en 1491. Herido en el Sitio de Pamplona en 1521, abandona la milicia y estudia en Alcalá, Salamanca y Paris. En 1534, funda la compañía de Jesús. Falleció en Roma en 1556. Su iconografía se inspira en el retrato pintado por Sánchez Coello, según su mascarilla funeraria. Otras representaciones significativas de San Ignacio son las realizadas por P. Logros II, para la Iglesia del Gesú y la de Rusconi para San Pedro, en Roma, así como la que realizó Francisco de Vergara para Loyola. 

San Francisco Javier nació en el Castillo de Javier en 1506. Se gradúa como maestro de las Artes en Paris en 1525, siendo ordenado sacerdote doce años más tarde.A petición de Juan III de Portugal parte para la India portuguesa, a donde va como provincial de la nueva orden y nuncio y legado del Papa. Entre las numerosas representaciones del Santo sobresale una estatua realizada por Montañés, para la iglesia de la Anunciación de Sevilla, un cuadro de Murillo, en Hastford, y otro de Rubens localizado en el Museo de Viena. Las dos imágenes conservadas en este templo pertenecen al llamado lustro magistral de Mesa, desarrollado entre 1618 y 1623. Ambas tallas son concertadas en 1622, junto al retablo de que formarían parte, siendo trasladadas a El Puerto a mediados del presente siglo. La autoría de ambas tallas pudo confirmarse gracias al hallazgo de un documento en la cabeza de San Ignacio de Loyola, tras ser restaurado. En él se recoge que dicha escultura costó «en blanco» (sólo en madera) mil reales y quinientos su dorado; ciento cincuenta ducados el retablo y mil cuatrocientos reales su policromía.

La escultura de San Ignacio ubicada junto a la nave de la Epístola se inspira en la realizada por Montañés, para la Casa profesa sevillana con motivo de su beatificación acaecida en 1610. En actitud erguida, porta el hábito de la orden jesuita con sotana y manto. En su mano derecha lleva un banderín, realizado en plata con el anagrama de J.H.S. y en la izquierda un libro abierto.

Formando pareja con la anterior, junto a la nave del Evangelio, y similar en cuanto a sus formas, salvo la excepción de portar un Crucifijo en su mano izquierda, aparece la escultura de San Francisco Javier. La composición de estas esculturas muestra las formas habituales empleadas por Mesa. Pero al mismo tiempo que la talla, es importante resaltar el espléndido tratamiento del estofado y dorado tanto de sus rostros y manos como de su vestimenta, las cuales siguen una decoración simétrica con predominio de los tonos dorados sobre el negro

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